ההחלטה לגבי מערכת החינוך, לפיה היא תישאר פתוחה בשעות מוגבלות לחלק מכיתות הלימוד, והצהרונים ייסגרו, היא פשרה שאליה הגיעו השרים. שר הבריאות יולי אדלשטיין דרש לסגור את מערכת החינוך כולה למעט החינוך המיוחד, אך שר החינוך יואב גלנט דרש להשאיר את מערכת החינוך פתוחה והציע להגביל את השעות.

גלנט כתב בעמוד הפייסבוק שלו, זמן קצר אחרי ההודעה על הסגר: "מנענו סגירה מוחלטת של מערכת החינוך בתקופת הסגר. אני מודה לראש הממשלה ולשרי הממשלה שקיבלו את עמדתי ובחרו לשים את חינוך ילדי ישראל בראש סדר העדיפויות הלאומי – ואימצו את הצעתי להשאיר את גני הילדים וכיתות א'-ד' ו-יא'-יב' במוסדות החינוך. נמשיך לפעול כדי שגם תלמידי כיתות ה'-י' יקבלו מענה מלא ללמידה מרחוק בתקופת הסגר".

ראש הממשלה בנימין נתניהו מלווה על ידי שר החינוך יואב גלנט וראש עיריית ירושלים משה ליאון במהלך ביקור בבית ספר בשכונת הר חומה לקראת פתיחת שנת הלימודים, 25 באוגוסט 2020 (צילום: Photo by Kobi Gideon / GPO)