בג"ץ דחה את העתירות לפתיחת חקירה פלילית נגד ראש הממשלה לשעבר בנימין נתניהו בפרשות הצוללות וכלי השיט והמניות. נדחו גם הבקשות להורות על הקמת ועדת חקירה ממלכתית בפרשת כלי השיט.

בפסק הדין, השופט יצחק עמית ציין כי "הגם שדחינו את העתירות על כל הסעדים שהתבקשו, אין לכחד כי שורה של תמיהות הנוגעות לתהליך קבלת ההחלטות בפרשת כלי השיט עדיין מרחפת כחשרת עבים ממעל.

"בפסק הדין  עמדנו על כך שראוי כי הדברים ייבחנו וייבדקו בדרך שלא תפגע בהליך הפלילי המתנהל בפרשת העמלות (תיק 3,000) ובאינטרסים בטחוניים של המדינה. אנו תקווה שכך ייעשה ועד אז נותיר את הדברים למשפט הציבור".