עמדת שרת הפנים, איילת שקד הודיעה בישיבת הממשלה שהיא מתנגדת לוועדת חקירה ממלכתית לפרשת הצוללות. לדבריה "עד שנת 2020 ממשלות ישראל החליטו על הקמתן של 14 וועדות חקירה ממלכתיות, אף אחת מהן לא הייתה על מעשים של שלטון קודם (למעט בעניין ילדי תימן שלצערינו הוועדה קמה שנים רבות אח"כ), תמיד הממשלות הקימו וועדות חקירה על עצמן, לדוגמא:

• ועדת כהן – ממשלת בגין בדקה את עצמה (סברה ושתילה).
• ועדת אגרנט – ממשלת גולדה בדקה את עצמה (יום כיפור).
• ועדת אור – ממשלת ברק בדקה את עצמה (אירועי אוקטובר).
• הממשלה הזו מקימה כבר 2 וועדות חקירה על ממשלות קודמות.
  הוועדת חקירה היא רק על הדרג המדיני.

שקד הוסיפה: "מה קרה פה? הגוורדיה הביטחונית (אלופים במיל') רוצים לבדוק את הדרג המדיני. בן גוריון התנגד מאוד לשליטה של מערכת הביטחון על בניין הכוח. הוא קבע שזה עניין של הדרג המדיני. לדוגמא: בן גוריון קיבל את ההחלטה להקים את הכור בדימונה בניגוד לעמדת הצבא. מה וועדת חקירה כזו תעשה? וועדות כאלה קובעות פרוצדורות וקובעות הלכות שבסופן יצמצמו את מרחב הפעולה של הדרג המדיני. לוועדות כאלה יש אפקט מצנן מאד על מקבלי ההחלטות. עדות לכך היא מה שקרה למשטרה כתוצאה מוועדת אור. זה טבען של וועדות חקירה. את ההשפעה של וועדת החקירה על מירון ניתן היה לראות כבר בהילולת הבאבא סאלי שהתקיימה לאחרונה, ההילולה השנה עלתה 2.5 מיליון במקום חצי מיליון כי המשטרה רצתה להגן על עצמה מכל כיוון. וועדה כזו יכולה להפר את האיזון בין הדרג המדיני לצבאי. היועמ"ש ופרקליט המדינה קבעו שהדרג המדיני לא היה נגוע בפלילים אז כשנוח מקשיבים להם וכשלא מתאים לא מקשיבים להם?"