פרקליט המדינה, עמית איסמן, החליט לקבל את הערר שהוגש על סגירת התיק בפרשה שזכתה לכינוי "פרשת הסוהרות", והורה על העמדתם לדין בכפוף לשימוע של מפקד כלא גלבוע לשעבר, באסם קשקוש, וקצין המודיעין לשעבר של הכלא, ראני באשה, בגין עבירות של מרמה והפרת אמונים ואי-מילוי חובה רשמית. בנוסף לכך, ועל בסיס החומרים שנאספו במסגרת החקירה שחודשה, החליט פרקליט המדינה על העמדתו לדין, בכפוף לשימוע, של האסיר הביטחוני מחמוד עטאללה, בגין עבירות אינוס ומעשים מגונים בסוהרת א', שהיתה אז בשירות חובה, ובעבירות של מעשים מגונים בשתי סוהרות נוספות.

בנובמבר 2017, בעקבות תלונה שהגישה סוהרת בכלא גלבוע, פתחה משטרת ישראל בחקירה נגד עטאללה, בחשד לביצוע מעשים מגונים בה ובשתי סוהרות נוספות, בין השנים 2017-2016. בתום החקירה הגישה הפרקליטות לבימ"ש השלום בנצרת כתב אישום נגד עטאללה בגין ביצוע עבירות מין בשלוש הסוהרות. התיק עודנו מתנהל בביהמ"ש.

בד בבד, ביוני 2018 פתחה היחידה הארצית לחקירות סוהרים (יאח"ס) במשטרת ישראל חקירה נוספת ונפרדת נגד ארבעה עובדי שב"ס בעלי תפקידים פיקודיים בכלא גלבוע, בחשד לעבירות של הפרת אמונים, אי-מילוי חובה רשמית ועבירות נוספות. לאחר בחינת התיק הוחלט כי מסכת הראיות אינה מבססת סיכוי סביר להרשעה, ועל כן התיק נסגר. בצד זאת, העבירה הפרקליטות את התיק לשב"ס, על מנת שהגורמים הרלוונטיים יבחנו את ההיבטים המינהליים והמשמעתיים בהתנהלותם של ארבעת אנשי שב"ס. על החלטה זו הגישו הסוהרות ערר.

בעקבות עדותו של מפקד כלא גלבוע דאז, גנ"מ פרדי בן-שטרית, בפני ועדת הבדיקה הממשלתית לאירוע בריחת האסירים מבית סוהר גלבוע, הורה פרקליט המדינה בדצמבר 2021, על דעת המשנה הפלילי ופרקליטות מחוז צפון, על חידוש החקירה בכל היבטיה של הפרשה – הן החשדות הנוגעים למעשים שביצע לכאורה האסיר בסוהרות, והן החשדות ביחס למודעותם והתנהלותם של קציני הפיקוד בכלא גלבוע. זאת, במטרה לאשש או להפריך את החשדות החמורים.

במסגרת החקירה המחודשת בוצעו פעולות חקירה רבות ונרחבות, שנמשכו על פני תקופה ארוכה ואותרו סוהרות נוספות שעל פי החשד נפגעו ע"י עטאללה. בהקשר זה יצוין, כי עניינה של הסוהרת א' החל להתברר בדצמבר 2021, בעקבות אינדיקציה מסוימת שהתקבלה בעניין. אולם רק בחודש יוני 2022 העלתה א', לראשונה, את הטענה כי האסיר אנס אותה, מה שהביא לכך שבמסגרת החקירה המחודשת נגבו עדויות ממעורבים נוספים, נערכו עימותים וכן נאספו ראיות רלוונטיות נוספות. לאחר בחינת חומר החקירה החדש שנאסף החליט פרקליט המדינה כי קיים סיכוי סביר להרשעת עטאללה בעבירות אינוס ומעשים מגונים ביחס לסוהרת אחת ובעבירות מעשים מגונים ביחס לשתי סוהרות נוספות.

לאחר בחינת חומר החקירה ובכללו החומר החדש שהצטבר, בחינת הטענות שהועלו בערר וקיום מספר דיונים מעמיקים, החליט פרקליט המדינה לאמץ את עמדת כלל הגורמים, לפיה קיים סיכוי סביר להרשעה בעבירות של מרמה והפרת אמונים ואי-מילוי חובה רשמית בעניינם של מפקד הכלא דאז קשקוש והקמ"ן דאז באשה. מחומר הראיות עולה, כי למרות שקשקוש ובאשה קיבלו מידע מבוסס בדבר מעשים מיניים אסורים של האסיר עטאללה כלפי סוהרות במתקן הכלא, הם נמנעו מדיווח על אותם מעשים, תוך הפרת חובה המעוגנת במקורות חובה שונים שבדין, ולא עשו דבר כדי למנוע פגיעות מיניות נוספות בסוהרות. בכל הנוגע לבאשה, הראיות לימדו כי על אף ששמע שעטאללה פגע מינית בשתי סוהרות לפחות, לא רק שנמנע מדיווח אלא שהחליט להציב סוהרת מסוימת באגף של עטאללה, לפי דרישת האסיר, אגב יצירת סיכון לפגיעה מינית בסוהרת במהלך משמרתה.

באשר לניסים פיניש, קמ"ן הכלא בתקופה שקדמה לבאשה ושפרש משירותו בשב"ס בעקבות הפרשה, החליט פרקליט המדינה, מבלי להקל ראש בחשדות נגדו, לאמץ את עמדת כלל הגורמים לפיה אין סיכוי סביר להרשעתו, משום שקיים קושי ראייתי להוכיח את תוכנם המדויק של הדיווחים שהעבירה אליו הסוהרת ב' לגבי מעשיו של עטאללה. עם זאת, הוחלט לשנות את עילת הגניזה בעניינו. אשר לאחמד קטימה, שהיה מפקד משמרת בכלא, החליט פרקליט המדינה לאמץ את עמדת כלל הגורמים להותיר את החלטת הגניזה על כנה.