הממשלה ושר הביטחון הגישו תגובה מקדמית לבג"ץ, שבה נטען כי ההחלטה לסגור את גלי צה"ל התקבלה בסמכות חוקית מלאה, במסגרת מרות הממשלה הנבחרת על צה"ל, על בסיס תשתית משפטית מוצקה ובליווי הייעוץ המשפטי למערכת הביטחון.

במסמך נטען כי עצם עיסוקה של גלי צה"ל באקטואליה ובפוליטיקה מהווה אנומליה מתמשכת בתוך יחידה צבאית, וכי סגירת התחנה היא מהלך שנשקל לאורך השנים בידי ממשלות, שרי ביטחון ורמטכ"לים מכל הקשת הפוליטית.

לטענת המדינה, גלי צה"ל הוקמה בהחלטת ממשלה, וגם ההחלטה על סגירתה התקבלה בהחלטת ממשלה, לאחר הליך מנהלי תקין.

עוד צוין כי עמדת צה"ל הרשמית, כפי שנמסרה במהלך ההליך, הייתה כי מבחינה ערכית יש להבטיח "אפס, לא מינימום – אפס חיכוך בפוליטיקה", וכי זהו עקרון יסוד בעמדת הצבא. לפי המסמך, עמדה זו הועלמה מתגובת היועצת המשפטית לממשלה.

הממשלה ושר הביטחון מדגישים כי לאורך השנים ניתנו חוות דעת משפטיות רבות שקבעו פה אחד כי סגירת גלי צה"ל, ככל יחידה צבאית אחרת, נתונה להחלטת הרמטכ"ל והממשלה שלה הוא כפוף.

בין חוות הדעת שצוינו: היועץ המשפטי לממשלה לשעבר אביחי מנדלבליט; המשנה ליועמ"ש עו"ד מאיר לוין; הפרקליט הצבאי הראשי לשעבר שרון אפק; היועץ המשפטי למערכת הביטחון לשעבר עו"ד איתי אופיר; והמשנה ליועמ"ש מערכת הביטחון לשעבר עו"ד הילה ארליך.

לטענת המדינה, לא היה יועץ משפטי אחד – מאז הקמת התחנה ועד לחוות הדעת האחרונות של ד"ר לימון ועו"ד סומפולינסקי – שסבר אחרת.

במסמך נטען עוד כי המצב הנורמטיבי לא השתנה עם השנים, וכי השינוי היחיד הוא זהות הממשלה. "במדינה עם שלטון חוק", נכתב, "הדין המנהלי אינו משתנה אך משום חילופי ממשלות".

עמדת הממשלה ושר הביטחון ישראל כ"ץ צפויה לעמוד במוקד הדיון המשפטי, על רקע המחלוקת הציבורית והמשפטית סביב עתידה של תחנת הרדיו הצבאית.